EVO视讯发布的研究成果，名为“肠道化生的时空基因组分析揭示胃癌进展的克隆动态”，于2023年12期刊《Cancer Cell》上正式发表，影响因子为5.03。本研究综合运用单细胞测序、GeoMx数字空间成像、全外显子测序（WES）和批量RNA测序，专注于定制的胃癌基因面板（涵盖277个基因，这些基因在TCGA及其他研究中已被确认与胃、食道和结直肠癌的突变相关）。

样本信息

本研究涉及2980名年龄在50岁及以上的中国患者，时间跨度为2004年至2015年，样本取自多个胃部区域，包括幽门、胃体及贲门。

单细胞空间组学的应用

在本研究中，单细胞测序（scRNA-seq）首先对10名非癌症受试者的样本进行了分析，识别出四个主要细胞谱系：胃细胞、肠道细胞、免疫细胞和基质细胞。重点关注胃肠谱系进行亚群注释，确认了两种胃细胞及四种肠细胞的存在。细胞比例分析表明，肠道细胞与胃细胞的比例减少与肠道化生（IM）严重程度相关。研究中发现SOX9基因在特定细胞类型（如胃LYZ+细胞及肠道干细胞）中的表达显著增加。

GeoMx数字空间成像分析

通过对8个胃癌患者的组织切片进行GeoMx探测，并结合scRNA-seq数据确定细胞类型的空间分布，将每个肠道化生（IM）区域标记为“干细胞显性”或“肠细胞显性”。富集分析显示，干细胞显性IM区域过表达与氧化磷酸化相关的基因集，这些基因在胃癌区域同样表达显著。此外，将肠干细胞和肠细胞的标记物进行分层聚类发现，干细胞显性IMs与恶性细胞群表现出相似的基因表达特征，而肠细胞主导型IMs则与胃癌存在明显的异质性。这表明即使在同一受试者中，肠道化生也表现出显著的异质性。

研究总结

本研究通过结合单细胞空间数据分析，揭示了肠道细胞与胃细胞在肠道化生严重程度中的相关性，并表明干细胞显性IM与恶性细胞群具有相似的表达特征。其中，SOX9在特定细胞类型（如胃LYZ+细胞和肠道干细胞）中的高表达为进一步研究提供了新思路。这一研究成果将为胃癌的早期诊断与治疗策略的开发提供重要的生物标志物，期待EVO视讯在生物医疗领域持续为用户提供创新的研究成果。